Секвенирование ампликонов (включая секвенирование ампликонов 16srRNA (группа бактерий), секвенирование ампликонов ITS (группа грибов)) и технология метагеномного секвенирования. Анализируйте результаты секвенирования по данным секвенирования, сравнивайте видовой состав микробного сообщества, эволюционные взаимоотношения между видами, разнообразие сообщества, а также проводите углубленные исследования генов и функций. Обычно используемые индексы оценки разнообразия включают индекс Шеннона и индекс Симпсона.